W Krzyżowej historia obecna jest na każdym kroku. Miejsca pamięci są więc bardzo ważne w przestrzeni Krzyżowej i dla ludzi, którzy tu pracują. Jednym z ważniejszych jest Dom na Wzgórzu. To tam odbyły się trzy ważne spotkania Kręgu z Krzyżowej.
Na dziedzińcu, ogrodzonym budynkami gospodarczymi, w listopadzie 1989 roku odbyła się Msza Pojednania. Na pamiątkę tego wydarzenia, w pobliżu budynku „Stajnia”, znajduje się symboliczna tablica wskazująca miejsce, gdzie zbudowano scenę z ołtarzem. 
Tablica jest równocześnie zaproszeniem na wystawę plenerową „Odwaga i Pojednanie”, znajdującą się za budynkiem „Stajni”. Ekspozycja opowiada historię zbliżenia i pojednania Niemców i Polaków od 1945 r. Stanowi również swoiste miejsce pamięci, odwołujące się do historii Fundacji i międzynarodowej inicjatywy obywatelskiej założycieli i założycielek „Krzyżowej”, którzy byli zaangażowani w proces pojednania.
Niemiecki 
opór przeciwko narodowemu socjalizmowi – z jednej strony, opozycyjne ruchy obywatelskie w Europie Środkowej i Wschodniej w okresie przed 1989 r. – z drugiej, stanowiły dla założycieli Fundacji podstawę i punkt odniesienia przy tworzeniu w Krzyżowej miejsca edukacji i spotkań. O życiu osób zaangażowanych w walkę o niezbywalne prawa człowieka, działających w ruchach oporu i opozycji mówi kolejna stała wystawa – „Odrzucając kłamstwo”. Ekspozycję można obejrzeć na parterze Pałacu. 
Na obrzeżach terenu Fundacji znajdują się pozostałe miejsca pamięci: kamień pamiątkowy, który od 1989 roku przypomina o Kręgu z Krzyżowej, pozostałości obozu jeńców wojennych, którego więźniowie musieli wykonywać pracę przymusową w Krzyżowej, jak i Wzgórze Cmentarne.
Wszystkie opisane miejsca i przestrzenie są otwarte i dostępne dla publiczności. Dom na Wzgórzu, jako jedyny, dostępny jest tylko w ramach oprowadzeń, wykonywanych przez pracowników Fundacji. Każde takie oprowadzanie jest także okazją, aby dowiedzieć się więcej o historii Krzyżowej i poszczególnych miejsc pamięci.
